متن لمعات الهيه به خط ملا عبد الله مدرس زنوزى ، حواشى به خط آقا على ، با امضاى « على الطهرانى المدرس ، على عفى عنه ، على الطهرانى عفى عنه ، 110 الطهرانى عفى عنه ، 110 عفى عنه » تاريخ كتابت حواشى مشخص نيست . استاد سيد جلال الدين آشتيانى در نخستين چاپ مصحح لمعات الهيه ( مشهد ، 1354 ه . ش ) با استناد به نسخهء ياد شده تعليقات آقا على را در پاورقى متن لمعات آورده‌اند . در كتاب حاضر متن تعليقات با نسخهء اصل تطبيق شده ، بعضى اغلاط مطبعى نخستين چاپ آن تصحيح شده ، يكى دو تعليقه از قلم افتاده اضافه شده ، متن تعليقات مورد تحقيق قرار گرفته است . 13 . تعليقة على الحواشى الجمالية على الحواشى الخفريه مهمترين حاشيه بر شرح تجريد العقايد علاء الدين على قوشچى ، حاشيهء شمس الدين محمد بن احمد خفرى ( متوفى 942 يا 957 ) شاگرد مير صدر الدين دشتكى ، مشهور به حاشيهء خفريه است . بر حاشيهء محقق خفرى حواشى متعددى نوشته شده است ، از جمله حاشيهء آقا جمال الدين محمد خوانسارى ( متوفى 1125 ) از مهمترين اين حواشى است . آقا جمال در اين حاشيه حدوث دهرى ميرداماد را به عبارت ذيل مورد مناقشه قرار داده است : « فلعله يحتاج الى لطف قريحة لم يكن لنا » . آقا على مدرس طهرانى در تعليقه واحده‌اى ضمن ذكر كلام ديگرى از ميرداماد ، اشكال محقق خوانسارى را به اختصار پاسخ داده است . مشخصات نسخهء خطى اين تعليقه به اين شرح است : نسخهء شمارهء 1727 كتابخانهء مجلس شوراى اسلامى ، تعليقه به خط آقا على با امضاى مألوف 110 ، فاقد تاريخ كتابت و شمارهء صفحه . 14 . تعليقة على حاشية رسالة سرّ القدر شيخ الرئيس ابن سينا رساله‌اى مختصر اما پرمعنى دارد به نام « سرّ القدر عن معنى قول الصوفية من عرف سرّ القدر فقد الحدّ » در حاشيهء اين رسالهء سينوى در ذيل عبارت « و لا يجوز ان يكون الثواب و العقاب على ما يظنّه المتكلمون » فردى به امضاى مجهول ( ع ل )